Jon sembra riprendersi dal coma, ma non ricorda niente di quello che è successo con Salva, illudendosi poi di saper camminare a causa di un sogno avvenuto poco prima. L'accesa discussione tra Salva e Daniela però gli farà ritornare la memoria, rendendolo molto cattivo nei confronti dei due. Teresa intanto diventa molto antipatica verso gli altri, anche se durante l'estate si sentiva con Roman, che intanto sembra provare qualcosa per lei. Alvaro, lasciate da perdere le vecchie storie, inizierà una rivalità con Jon, arrivando addirittura a tentare un salto mortale da una grande altezza: In quell'occasione verrà fortunatamente fermato da Arturo e da Jon stesso, mettendo fine alla loro rivalità. L'arrivo del nuovo preside, Enrique, metterà a dura prova la pazienza di tutti gli studenti e i professori, a causa della sua grande antipatia dovuta alle conformezze del suo lavoro. Yoli si candiderà alle elezioni per diventare rappresentate degli studenti, e dopo delle iniziali difficoltà dovute alle scorrettezze della sua rivale, Daniela, riuscirà ad essere eletta. Olimpia, finita la storiella con Vicente, inizierà a "Negoziare" con Enrique, da cui poi nascerà una piccola scintilla. Vicente aiuterà una donna Argentina, Sara, a rimanere in Spagna, mettendo in scena un falso matrimonio, a causa dell'assenza del permesso di soggiorno di quest'ultima, mentre Veronica inizierà a sentirsi con Xavi, il nuovo prof di arte e sostituto di Jorge, anche se la loro storia verrà ostacolata dai vari interventi di Sara e Vicente. Alma riceverà una borsa di studio per New York, ma non avendo abbastanza soldi per le spese, finirà per lavorare in un locale molto "a luci rosse". Fer e David sono finalmente tornati insieme, e dopo iniziali problemi con la madre di quest'ultimo, i due compreranno una casa insieme, in cui andrà a vivere anche Roman, che nasconderà della maria all'insaputa di Fer, che comunque lo verrà a scoprire. L'arrivo improvviso di Susana, una delle ex di David, metterà problemi tra i due, che finiranno col lasciarsi a causa del fatto che Fer fatica ad accettare la "presunta" bisessualità di David (Che farà dei sogni erotici, prima su Susana, poi su delle donne). David, pur essendo convinto di amare Fer, non riuscirà a fargli cambiare idea, e anche dopo che quest'ultimo si pentirà e vorrà stare con lui, la storia sembrerebbe essere finita, dato che David, stanco dei continui pensamenti e ripensamenti del ragazzo, deciderà di trasferirsi dal padre. Molti studenti e alcuni professori verranno poi coinvolti in un impeto d'ira causato da Tono, uno studente che, stanco delle continue prese in giro da parte dei suoi compagni, farà irruzione nella scuola armato di fucile. Durante tale evento, Veronica verrà ferita alla spalla sinistra. Jon e Salva chiariranno i loro problemi, con il pentimento del primo; Teresa tornerà amichevole, preoccupata per la madre da fuori la scuola; Sara e Veronica ritorneranno amiche; alvaro e alma finiranno per fare l'amore in biblioteca, e David si ricrederà quando vedrà arrivare dall'esterno Fer, venuto a salvarli. Purtroppo, il gruppo verrà intercettato, e Tono ferirà Jon e Alvaro, causando un momento di coraggio e adrenalina in Fer, che si metterà davanti allo studente armato, facendogli un discorso molto toccante. Quando tutto sembra finito, però, Alvaro tenterà di strappare dalle mani di Tono il fucile, facendo partire un colpo verso Fer, che morirà in seguito tra le braccia di un David sconvolto. Dall'evento poi passeranno due mesi, e la stagione finisce con: Sara che tornerà in Argentina; Veronica e Teresa che riallacceranno i rapporti, con quest'ultima che poi si fidanzerà con Roman; Yoli che, dopo un iniziale paranoia dovuta al non aver accettato ancora la morte di Fer (Infatti lo vedrà ancora in giro, parlandogli spesso), si alleerà con Daniela per scongiurare la vendita dello Zurbaran, mettendosi poi con Salva; Alvaro, dopo iniziali problemi per le assunzioni di steroidi, si metterà con Alma, che la smetterà di frequentare il locale; Jon cercherà di farsi perdonare da tutti, soprattutto da David; Quest'ultimo, non accettando la scomparsa di Fer, si chiuderà in se stesso, organizzando festini e frequentando altri uomini pur di dimenticarlo (Riuscirà comunque a stare in pace con se stesso, dopo aver rivisto mentalmente Fer grazie all'aiuto di Yoli); Daniela che si farà in due per farsi perdonare da tutti; Olimpia che, indignata dal comportamento di Enrique, si alleerà insieme a tutti gli altri per sventurare la chiusura. La serie finirà con tutti i personaggi davanti al liceo, intenti ad osservare l'imminente chiusura e la firma da parte di Enrique, che sembra essere dubbioso. In tale occasione molti dei vecchi alunni e professori saranno presenti per dare supporto morale a tutti (Ruth e Cabano daranno il loro conforto attraverso il telefono), tra cui Julio, Cova, Gorka, Paula, Jan, Irene, Berto, Martin, Blanca e altri.

La prima stagione consta di 18 personaggi regolari e include gli 8 professori: Nuria González (Clara Yanes), Ana Milán (Olimpia Dìaz), Joaquín Climent (Adolfo Madrona), Xavi Mira (Fèlix Alonso), Blanca Romero (Irene Calvo), Cecilia Freire (Blanca Romàn), Bart Santana (Rocco Madrona) e infine Michel Gurfi (Jonathan). Gli studenti del cast regolare sono 10: Karim El-Kerem (Isaac Blasco), Leonor Martín (Cova Ariste), Maxi Iglesias (Cèsar Cabano), Andrés Cheung (Jan Taeming), Úrsula Corberó (Ruth Gòmez), Gonzalo Ramos (Julio de la Torre), Adam Jezierski (Gorka Martìnez), Angy Fernández (Paula Blasco), Javier Calvo (Fer Redondo) e Andrea Duro (Yoli Freire). Tuttavia il personaggio di Jonathan viene ben presto ridimensionato e lascia la serie dopo appena i primi quattro episodi.

Dopo il grande successo della prima stagione, che si è conclusa il 31 marzo 2008, Antena 3 ha annunciato le riprese di una nuova stagione, con più episodi e alcuni cambiamenti nel cast. Al posto di Gurfi, subentra nel cast Michel Brown nel ruolo di Miguel Belaza, il professore di teatro e fa la sua prima apparizione Álex Barahona nel ruolo di Berto Freire, fratello di Yoli il cui personaggio acquisterà maggior rilievo in seguito; di contro, lasciano la serie al termine della stagione il nuovo arrivato Michel Brown (Miguel), Karim El-Kerem (Isaac) e Andrès Cheung (Jan). Xavi Mira (Felix) lascia invece la serie dopo l'ottavo episodio della stagione, tornando in seguito per delle apparizioni sporadiche. La seconda stagione ha debuttato il 4 settembre 2008 e si è conclusa l'8 dicembre dello stesso anno.

La terza stagione è andata in onda dal 13 aprile al 22 giugno 2009 ed ha incluso nel cast nuovi personaggi: tra gli studenti Óscar Sinela nel ruolo di Quino Domínguez, Sandra Blázquez (Alma Núñez), e Irene Sánchez (Violetta Cortès), mentre per i professori arriva José Manuel Seda nel ruolo di Martìn Aguilar. Leonor Martin (Cova) lascia la serie dopo il secondo episodio della stagione. Torna anche l'attore Álex Barahona che vede il suo ruolo di Berto notevolmente ampliato all'interno della storia; appare inoltre, a partire dal quinto episodio della stagione, Adrián Rodríguez nel ruolo di David Ferràn.

La quarta stagione è andata in onda dal 22 settembre al 16 dicembre 2009 ed il cast è stato nuovamente rivoluzionato (seppure in minima parte); Adriàn Rodrìguez (David Ferràn) e Álex Barahona (Berto Freire) vengono aggiunti al cast regolare così come il nuovo personaggio del professore Vicente Vaquero interpretato da Marc Clotet; Irene Sànchez (Violetta Cortès) lascia la serie dopo il terzo episodio della stagione e Joaquín Climent (Adolfo) dopo il sesto episodio, mentre al termine se ne vanno Blanca Romero (Irene), Cecilia Freire (Blanca) e Óscar Sinela (Quino).

La quinta stagione è andata in onda dall'11 maggio al 6 luglio 2010 ed il cast è stato qui notevolmente sconvolto: per i professori arrivano Cristina Alcázar nel ruolo di Marina Conde, Olivia Molina (Verónica Lebrón) e Sergio Mur (Jorge); per gli studenti invece c'è l'ingresso di Lucía Ramos nel ruolo di Teresa Parra, Álex Batllori (Álvaro) e Nasser Saleh (Rashid 'Román' Lorente), ovvero tre studenti del primo anno. Adam Jezierski (Gorka) partecipa solo al primo e all'ultimo episodio della stagione, mentre, negli ultimi due episodi, viene introdotto il personaggio di Daniela Vaquero interpretato da Lorena Mateo la quale diventerà un personaggio importante in seguito. Nell'ultimo episodio di stagione torna Leonor Martìn nel ruolo di Cova. Maxi Iglesias (Cabano) e Bart Santana (Rocco) lasciano la serie al termine della stagione.

La sesta stagione è andata in onda dal 15 settembre al 14 dicembre 2010 e nuovi cambi nel cast sono: tra gli studenti arrivano Álex Hernández nella parte di Jon e Álex Martínez (Salva Quintanilla) mentre tra i professori Enrique Arce (Arturo Ochando Villalba). Lorena Mateo viene aggiunta al cast regolare nel ruolo di Daniela Vaquero mentre Gonzalo Ramos (Julio) lascia la serie dopo il secondo episodio della stagione, Álex Barahona (Berto) dopo il terzo, e Nuria González (Clara) lascia invece dopo l'undicesimo episodio. Leonor Martin (Cova) compare nei primi due episodi mentre Adam Jezierski (Gorka) torna negli ultimi due per dare un epilogo alla sua storyline con Paula; al termine della stagione lasciano la serie Angy Fernández (Paula), Úrsula Corberó (Ruth), José Manuel Seda (Martìn), Cristina Alcázar (Marina) e Sergio Mur (Jorge).

La settima stagione è andata in onda dal 5 maggio al 13 giugno 2011 e fu l'ultima per la serie che venne cancellata visto anche il calo d'ascolti subito rispetto alle prime annate del telefilm; gli ultimi cambi nel cast vedono solamente l'aggiunta di tre nuovi professori interpretati da Fernando Andina (Enrique Lubián), Sabrina Garciarena (Sara Pires) e Juan Pablo Di Pace (Xavi López). Le vicende della serie si chiudono al termine di quest'ultimo ciclo e, per l'occasione, nell'episodio finale della serie tornano diversi personaggi che hanno fatto la storia del telefilm ovvero: Nuria González (Clara), Joaquín Climent (Adolfo), Cecilia Freire (Blanca), Blanca Romero (Irene), Xavi Mira (Félix), Leonor Martin (Cova), Andrés Cheung (Jan), Adam Jezierski (Gorka), Gonzalo Ramos (Julio), Maxi Iglesias (Cabano), Úrsula Corberó (Ruth), Angy Fernández (Paula), José Manuel Seda (Martìn), Álex Barahona (Berto) e infine Cristina Alcázar (Marina).

Per la prima stagione della serie la musica della breve intro è ricavata dal brano "Los Dìas" eseguita dal gruppo Cinco de Enero; dalla seconda stagione in avanti viene utilizzata una vera e propria sigla di testa con i nomi di tutti gli attori interpreti dei personaggi principali: il brano si intitola "Fisica o Quimica" e viene eseguito dal gruppo Despistaos fino al termine della quarta stagione e in seguito di nuovo per la settima; nella quinta viene utilizzata una versione realizzata dal gruppo El Sueño de Morfeo mentre nella sesta infine il brano viene cantato dall'attrice Angy Fernández che nel telefilm interpreta Paula.

La musica strumentale della serie è eseguita principalmente dal gruppo Cinco de Enero, band creata appositamente per la serie; un altro brano utilizzato spesso durante il telefilm è una versione lenta eseguita al pianoforte della sigla; da notare anche la partecipazione nella colonna sonora degli artisti italiani Laura Pausini e Nek.

La distribuzione italiana della serie è avvenuta grazie alla Publispei nella persona di Verdiana Bixio il quale ha acquistato la serie su richiesta di Rai 4 per volontà del direttore di rete Carlo Freccero; inizialmente sono state acquistate solo le prime due stagioni per testare l'eventuale gradimento del pubblico e l'edizione italiana venne affidata alla società di doppiaggio LaBibi.it con direzione del doppiaggio di Paola Majano. Il riscontro degli episodi fu ottimo e si creò una forte "fan base" su internet, insieme anche a diverse polemiche da alcuni associazioni per i toni espliciti del telefilm. Dopo la scomparsa di Bixio, fu Luca Zesi (sempre per conto della Publispei) ad acquistare la terza, quarta e quinta stagione della serie che vennero sempre trasmesse in prima visione su Rai 4 nel 2012 e il cui doppiaggio venne realizzato nuovamente da "la BiBi.it" con direzione di Paola Majano e Monica Gravina.

Questa serie è stata causa di una polemica in Italia. L'associazione cattolica AIART ha esposto perplessità riguardo all'orario nel quale Fisica o chimica viene trasmesso dall'emittente Rai 4 (a partire dalle 13.40) perché i personaggi sono inseriti in un contesto «a base di sesso, droga e trasgressione». Inoltre l'associazione sostiene che la serie induce «al "sesso spinto", all'omosessualità» il pubblico giovane di quella fascia oraria. Il direttore di Rai 4 Carlo Freccero risponde sostenendo di avere rispettato le regole, mentre l'associazione gli ricorda gli orari della fascia protetta.

La polemica, però, viene nuovamente accesa dal giornalista Francesco Borgonovo del quotidiano Libero che in un articolo del 14 marzo 2012 pubblica un duro articolo di critica alla serie intitolato «Porno Rai in fascia protetta: droga, sesso, ammucchiate». Ne segue una telefonata tra il giornalista e il responsabile del canale in cui lo stesso Freccero assume toni aspri e sopra le righe; Libero successivamente pubblicherà la telefonata sulla propria piattaforma audiovideo. Borgonovo ha successivamente dichiarato di parlare a titolo personale e il direttore generale della RAI Lorenza Lei ha definito insinuazioni gli attacchi della telefonata minacciosa di Freccero. Quest'ultimo alla fine è stato sospeso nell'aprile 2012 per 10 giorni dalle sue attività.